近年來，一些假冒授權品種、生產銷售假劣種子、搶購套購等違法行為嚴重擾亂種子市場秩序，原種子法關于種子執法制度的規定，已經不適應新形勢下現代種業發展的需求。為了發展現代農業，更好地發揮政府作用，維護公平競爭的種子市場秩序，新修訂的種子法完善了種子執法制度。
    明確種子執法機構的法律地位。在原種子法規定農業、林業主管部門是種子行政執法機關的基礎上，增加規定農業、林業主管部門所屬的綜合執法機構或者受其委托的種子管理機構，可以開展種子執法工作。這解決了長期以來大量承擔實際執法職能的綜合執法機構、種子管理機構“有責無名分”和行政主管部門“權責不匹配”的問題。同時，明確種子執法主體，使執法人員的執法工作有了法律依據，將有利于加強執法機構建設和執法隊伍的穩定，有利于增強執法人員的工作積極性。
    明確執法權限，完善執法手段。在原種子法規定農業、林業主管部門在行使職權時“可以進行現場檢查”的基礎上，進一步明確了其在履行種子監督檢查職責時，有權對種子進行取樣測試、試驗或者檢驗；有權查閱、復制有關合同、票據、賬簿、生產經營檔案及其他有關資料；有權對與違法生產經營相關種子、工具、設備、場所采取查封、扣押等行政強制措施。這些規定，既可以與行政強制等有關法律相銜接，又使執法人員的工作于法有據，有利于減少執法矛盾，提高執法效率。
    明確監督管理信息發布制度。增加規定省級以上人民政府農業、林業主管部門應當在統一的政府信息發布平臺上發布監督管理信息。這樣規定，使種業監督管理和種子執法進一步公開化，既有利于擴大種子執法的影響力和威懾力，使有違法沖動的單位和個人不敢貿然違法，又對執法行為本身是一種監督和約束，使執法人員執法更加謹慎和準確。這是落實十八屆三中全會決定中關于推進決策公開、管理公開、服務公開、結果公開的有關要求的具體舉措。